Secara umum, semua program dan kegiatan yang berjalan dibiayai baik secara mandiri, melalui pembayaran biaya dan/atau sumbangan sukarela dari peserta, maupun disubsidi melalui pendanaan oleh Yayasan Aqsyanna.

Demikian pula, kegiatan amal Yayasan didanai oleh pendanaan kombinasi dari kontribusi zakat dan pendanaan dari Yayasan Aqsyanna sendiri. Kegiatan tersebut menyasar masyarakat yang paling membutuhkan, khususnya anak-anak yatim dan panti asuhan yang mengasuhnya, dengan penyaluran sembako dan bantuan tunai. 

Sementara itu, biaya operasional dan overhead Yayasan Aqsyanna sejauh ini diperoleh dari:

1. Sumbangan para dermawan.
2. Dana CSR perusahaan-perusahaan yang menjadi mitra Yayasan Aqsyanna.
3. Kontribusi keuntungan dari bisnis afiliasi: kafe ‘Coffee Corner’ dan food court ‘Penny Lane’.
4. Kegiatan yang bersifat komersial diselenggarakan di RAQ, khususnya penyewaan ruangan untuk acara pernikahan, seminar, kajian dan manasik.